Размеры тела одноклеточных в большинстве микроскопические, измеряемые в микронах и миллиметрах. Исключение составляют лишь немногие, например морские корненожки — фораминиферы. Они тоже малых размеров, но отдельные виды современных достигают 3 см, а поперечник тела некоторых ископаемых превышает 10 см. Наименьшие размеры имеют те, что паразитируют в теле самих протозоа и в клетках различных органов многоклеточных животных. Из свободноживущих малые размеры характерны для почвенных обитателей, жизнь которых проходит в тончайшей пленке воды, окружающей твердые частицы земли. Они значительно меньше особей тех же видов из водоемов.
Форма тела весьма разнообразна , как это обычно наблюдается у животных очень крупной и богатой видами систематической категории. Причина тому — широкое распространение видов и их жизнь в разных экологических условиях.
У хороших пловцов тело удлиненное, веретеновидное, обтекаемое, а у «парящих» в толще воды — с причудливыми выростами, увеличивающими поверхность тела, что наряду с включениями в протоплазме (жировыми каплями, газовыми пузырьками) способствует пассивному плаванию. Обитающие на дне водоемов отличаются относительно большой массивностью. У многих тело заключено в раковину, которая у одних органической природы, у других, как у диффлугии, построена из песчинок, сцементированных выделениями тела.
Свои особенности в строении эктопаразитов и эндопаразитов. Так, у трипанозом — паразитов крови тело веретеновидное, по его краю простирается протоплазматический парус, способствующий плаванию в вязкой плазме крови. Приспособительные черты в строении других паразитов крови выражены по-иному. Кишечные лямблии имеют тело уплощенное, с присасывательной площадкой на нижней стороне. Присоска удерживает паразита в кишечнике. Грегарины же (тоже кишечные паразиты) закрепляются выростами переднего отдела тела (крючьями, щупальце-образными придатками). Тело их вытянуто и подразделено на 2—3 отдела. Некоторые из грегарин наружной расчлененностью напоминают в миниатюре плоских членистых червей. Прикрепительным аппаратом обладают и эктопаразиты.