На наружную пограничную зону тела приходятся такие важные для существования организма функции, как восприятие всевозможных воздействий извне, защита от механических и химических агентов внешней среды, поглощение кислорода, а при осмотическом питании — также поглощение пищи, удаление продуктов обмена веществ. Выполнение всех этих функций нельзя считать как зависящими только от структуры наружного покрова протоплазмы. В избирательной проницаемости покровов, как правило, участвует все тело одноклеточного животного. Выполнение функций определяется жизнедеятельностью всего организма и являет собою не механический, а физиологический процесс.
Тело корненожек, ряда эндопаразитов и многих других протозоа покрыто тончайшей мембраной. Большинство жгутиковых, инфузорий и саркодовых имеют покровы в виде тонкой, обычно эластичной пелликулы. Благодаря присутствию в пелликуле эластичных фибрилл она придает животному характерную для него форму, вместе с тем допуская временное ее изменение, и не препятствует совершать изгибы тела при движении. У ряда инфузорий пелликула достигает значительной толщины и плотности, приобретая свойства кутикулы или настоящего панциря (если пропитана солями). Вообще покровы протозоа отличаются сложностью и разнообразием строения. Как мембраны, так и пелликула составляют с протоплазмой одно целое и у некоторых видов в течение жизни или в отдельные ее периоды переходят одна в другую.
Под мембраной и пелликулой нередко отчетливо виден в световой микроскоп слой гомогенной желатинизированной протоплазмы— эктоплазмы. Глубже ее в теле находится жидкая и обычно зернистая эндоплазма. Она содержит ядро или ядерный комплекс из двух и более ядер, а также различные структуры, обычные для клеток и специфические, свойственные протозоа как организмам. Опорные фибриллы — один из видов скелетных образований. У некоторых на поверхности тела плотные, нерастяжимые волоконца и пластинки. Такие покровы приобретают свойства наружного скелета, выполняющего также защитную роль. Немногие протозоа имеют внутренний скелет. Как наружный, так и внутренний скелеты служат опорой для волокон (мионем), обладающих сократимостью. По функции они подобны миофиб-риллам — сократимым волокнам мышечных клеток метазоа. Скелет разных одноклеточных отличается и по строению, и по химическому составу. У корненожек он в виде домика, раковины. В строении раковин можно обнаружить весьма сложную структуру, как, например, у пресноводной раковинной амебы арцеллы.
Твердая основа ее раковины — кремний — органической природы, а входящая в нее эктоплазма имеет вид сети из призматических альвеол соответственно призматической структуре всего скелета. Электронный микроскоп позволяет отметить еще одну тонкую важную деталь ультраструктуры раковины — наличие сети нор, связующих эндоплазму с внешней средой.
Протозоа, ведущие жизнь в прикрепленном состоянии, снабжены скелетом, открытым на переднем конце, через который тело может выступать наружу. Этот участок тела служит для улавливания и приема пищи. Скелет плавающих в толще воды отличается тонкостью раковины и легкостью.