Р а з м н о ж е н и е протозоа происходит по-разному, и в особенностях его прослеживаются приспособительные черты. Нарастание числа особей у одноклеточных организмов происходит путем бесполого размножения . Наиболее обычной для евободпоживущих будет та его форма, при которой материнская особь разделяется па две дочерние . Ядро при этом делится кариокнпетпчеекнм путем.
Многие споровики и ряд паразитических протозоа других классов совершают бесполое размножение с той особенностью, что при делении материнской особи образуется несколько дочерних (множественное деление) . Высокая плодовитость— приспособительная черта биологии паразитов в связи с гибелью особей па пути распространения. При почковании после деления ядра следует неравномерное разделение протоплазмы и дочерний организм имеет вид почки па материнском теле (. Среди инфузорий есть виды с внутренним почкованием. При этом дочерние особи образуются внутри камеры в теле матери, что напоминает живородпость . Половое размножение метазоа происходит путем слияния двух половых клеток-гамет, а у протозоа гаметами становится особи, проходя этап созревания. У одних копулируют партнеры одинакового размера (изогамия), у других неодинакового (анизогамия) . У таких, как кокцидии, плазмодии, одни гаметы подобны яйцам, крупные, неподвижные, другие, как сперматозоиды метазоа, мелкие, подвижные. У вольвоксов подобно метазоа только часть клеток тела дают гаметы: мужские и женские, и есть виды раздельнополые п гермафродиты.
Своеобразен процесс педогамии и аутогамии. При педогамии копулируют дочерние особи, претерпев созревание. При аутогамии копулируют ядра одной и той же особи. После разделения ядра каждая часть проходит созревание (редукционное деление).
Половой процесс инфузорий — конъюгация. При конъюгации происходит временное сближение двух особей с взаимным оплодотворением ядрами, которые выполняют функцию гамет. Ядра в теле инфузорий двух категорий: одно крупное — макронуклеус, другое малое—микронуклеус. Первое называют вегетативным, второе — половым. В ходе конъюгации макронуклеус распадается, а микронуклеус проходит сложный процесс созревания, в результате которого в каждом из конъюгантов после двукратного делеиия микронуклеуса получаются четыре ядра, из которых три разрушаются, а четвертое делится, образуя два ядра (разных по величине). Более крупное остается на месте, а меньшее мигрирует в партнера и оплодотворяет оставшееся там ядро. Этим взаимным оплодотворением завершается конъюгация, и инфузории расходятся. Вскоре в каждой восстанавливается ядерный аппарат .
Среди инфузорий есть примеры, показывающие возможное сближение процессов копуляции и конъюгации, когда один из партнеров при конъюгации уменьшается в размерах и поглощается другим. В размножении ряда прикрепленных колониальных инфузорий видны приспособительные черты, выраженные в образовании на колонии особых веточек с конъюгантами. Нечто подобное известно у колониальных гидроидов в типе кишечнополостных.