Еще недавно книдоспоридий относили к классу Споровиков в качестве особого подкласса. Но ряд своеобразных черт строения этих животных определил выделение их в тип.
Так, споры у книдоспоридий образуются в течение всей жизни, и нет правильного чередования бесполого и полового размножения. Половой процесс проходит по типу аутогамии, самооплодотворения, при этом копулируют дочерние ядра. Споры отличаются сложным строением. Они многоядерные с двуядерным зародышем внутри .
Споры чаще двустворчатые, реже покрыты несколькими створками. На обоих или только на одном полюсе находятся полярные капсулы, содержащие спирально свернутую нить. Попадая в кишечник хозяина, под воздействием кишечных соков споры выстреливают эти нити, которыми прикрепляются к стенке кишки. В дальнейшем паразит проникает внутрь тела хозяина. Книдоспоридий — эндопаразиты. Локализуются в разных органах — в мочевом пузыре, в жабрах и т. д.