Мускулатура имеет своеобразное строение. У полипов изменения формы тела происходят вследствие движения расположенных в мезоглее мускульных отростков эпителиально-мышечных клеток эктодермы и энтодермы. Более сложные движения медуз обусловлены наличием особых мышечных волокон, залегающих в мезоглее, главным образом на краю купола тела. У коралловых полипов имеются также продольные и поперечные мышечные волокна в перегородках кишечной полости.